Een voedselintolerantie wordt vaak verward met een voedselallergie. Bij een voedselintolerantie speelt het immuunsysteem van het lichaam echter geen rol. De meest voorkomende zijn een lactose-intolerantie, waarbij er een tekort is aan een bepaald enzyme. 

In tegenstelling tot een allergische reactie moet je bij een intolerantie een bepaalde hoeveelheid opnemen om een reactie uit te lokken. De klachten die optreden komen daardoor meestal geleidelijk. De klachten zijn persoonsgebonden en gaan van zeer mild tot zeer ernstig. Ze zijn beperkt tot één symptoom of een verzameling van symptomen, zoals diarree, opgeblazen gevoel, winderigheid, krampen, misselijkheid, … .  Voor de behandeling van een voedselintolerantie starten we met een eliminatiedieet. Daarna herintroduceren we de voedingsstof. Zo bepalen we de grenswaarde.

Glutenintolerantie of coeliakie is echter een auto-immuunziekte. Dit is een aandoening waarbij de darmen beschadigd worden door het eten van voedingsmiddelen die gluten bevatten. Gluten zijn eiwitten aanwezig in tarwe, rogge, gerst, spelt, haver, kamut en in alle producten op basis van deze graansoorten. Op basis van een bloedonderzoek kan de arts nagaan of er antilichamen voorkomen die wijzen op coeliakie. Door een bloedonderzoek gaat de arts na of er antilichamen voorkomen die wijzen op coeliakie. Alleen een dunne darmbiopsie geeft definitief uitsluitsel. Bij glutenintolerantie worden voedingsstoffen minder goed opgenomen. Bij een niet gecontroleerde coeliakie bestaat het risico op tekorten van essentiële voedingsmiddelen. Dit dieet dient strikt en levenslang gevolgd worden.